据《温州市志》记载，温州商会成立于1901年，讫今已有一百多年的历史。1949年12月，温州市工商业联合会筹备委员会成立，1955年1月温州市工商联正式成立。1990年9月，市委、市政府批准市工商联增挂"温州市总商会"牌子；1992年3月，市委在市工商联建立了党组；2002年9月，市工商联第九次会员代表大会首次选举非公有制经济代表人士担任会长。
目前温州市工商联有执委167人，常委77人，正副主席19人；市总商会有理事169人，常务理事79人，正副会长26人。市工商联机关内设有办公室、机关党委、会员处、宣传处、经济处、调研处等6个处室。截止2009年底，全市各级工商联会员总数21308个；基层组织总数173个，其中行业商会79个（市本级35个），乡镇（街道）商会48个，异地商会46个。
改革开放以来，温州民营企业遍地开花，民营经济迅猛发展，为工商联、总商会工作提供了肥沃土壤。在新的历史时期，市工商联、总商会充分发挥"统战性"、"经济性"、"民间性"的特点和优势，实施"两项工程"（非公有制经济人士素质提升工程、工商联组织网络拓展工程），创建"两个品牌"（参政议政的品牌、服务的品牌），搭建"三大平台"（与党委政府部门和社会组织合作的平台、内引外联的平台、上下联动左右互动的平台），积极引导非公有制经济人士健康成长，促进非公有制经济健康发展，不少工作走在全省乃至全国的前列，工作成绩受到全国政协副主席、全国工商联主席黄孟复、中央统战部副部长、全国工商联党组书记全哲洙等领导的高度评价。2008年10月市工商联被人力资源和社会保障部、全国工商联授予"全国工商联系统先进集体"，近年来多次被评为全省工商联系统先进单位。